面向使用者的 CLI 操作手册。如果你拿到 CP2K MD 数据想跑标准分析（水分布、电极电势、表面电荷、自由能等），从这里开始。
这一份是中文文档；项目根的
README.md是英文的包介绍 / 架构概览。两份不冲突，互补。
- quickstart.md — 5 分钟跑通第一个分析（水三联图）。先看这个。
- workflows.md — 按"想做什么"组织的 5 条主线工作流：
- 算电极电势（cSHE）
- 表面电荷 σ + φ 标定
- Slow-Growth 粗扫 → TI 精算
- Bader 批量生成 VASP 工作目录
- SP 单点为 DeePMD 训练集抽帧
- menu_reference.md — 每个菜单代码（101 / 211 / 311 ...）的精简 reference：用途 + 必填参数 + 输出位置。
- settings.md —
9xx设置菜单 +~/.config/md_analysis/config.json。 - pitfalls.md — 输入数据约定（帧目录命名 / interface 标签 / 单位）+ 常见错误排查。
| 名词 | 含义 |
|---|---|
| 菜单代码 | 101 / 213 / 412 等三位数字。在 CLI 输入即可直达，无需逐级进菜单。 |
| interface 标签 | 沿表面法向的两个金属-水界面：normal_aligned（+轴指向）/ normal_opposed（-轴指向）。 |
| 帧目录命名 | Bader 用 bader_t<step>_i<frame>/，分布式 SP 电势用 potential_t<step>_i<frame>/。按 _t(\d+) 数值排序。 |
| 单位 | 距离 Å，能量 eV（内部 Hartree 自动转换），分数坐标 [0,1)，时间 fs，TI/SG 内部用 a.u. |
| cSHE 参考 | 计算氢电极。U vs SHE = -E_Fermi + φ_center + ΔΨ - μ(H⁺) - ΔE_ZP。 |
| TI 约束力 | CP2K LagrangeMultLog 文件的 SHAKE 乘子 λ；TI 中 dA/dξ = -⟨λ⟩。 |
CLI 是给人交互用的。如果你想在脚本里调用、批量跑多体系、或者从 Jupyter 调用，应该用：
md_analysis.main的run_*_analysis()— 程序化入口，跟 CLI 菜单一一对应md_analysis.agent.dispatch(task, params)— agent-friendly 统一调度入口（可序列化、JSON Schema）
文档错漏 / CLI 行为跟文档不一致 → GitHub issue（仓库 StackOverFlow11/MD-analysis）。